Ο Βλάσης Αγτζίδης είναι διδάκτωρ Σύγχρονης Ιστορίας του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας της Φιλοσοφικής σχολής του A.Π.Θ., με βασικές του σπουδές τα μαθηματικά και τους Η/Υ. Το θέμα της διατριβής του αφορούσε τον ελληνικό Τύπο της Σοβιετικής Ένωσης την περίοδο του μεσοπολέμου. H μελέτη του για την παρευξείνιο διασπορά και τις ελληνικές εγκαταστάσεις στις βορειοανατολικές περιοχές του Εύξεινου Πόντου έλαβε το Βραβείο της Ακαδημίας Αθηνών.
Τα κύρια ερευνητικά του ενδιαφέροντα σχετίζονται με τον σοβιετικό Μεσοπόλεμο και την ιστορία του σοβιετικού ελληνισμού, την ελληνική διασπορά, την ιστορική εμπειρία του ελληνισμού στη Μικρά Ασία, κυρίως στις περιοχές του Πόντου και της Ιωνίας, καθώς και με τη διαδικασία μετάβασης από την Οθωμανική Αυτοκρατορία στην εποχή των εθνών-κρατών. Πήρε μέρος στην επιχείρηση απεγκλωβισμού των Ελλήνων από το εμπόλεμο Σοχούμι του Καυκάσου κατά την περίοδο του πολέμου μεταξύ Αμπχαζίων και Γεωργιανών, καθώς και στην οργανωτική επιτροπή που συγκρότησε το Συμβούλιο Απόδημου Ελληνισμού. Έχει εκδώσει και επιμεληθεί 18 βιβλία.
Από το 1987 αρθρογραφεί σε εφημερίδες (Καθημερινή, Ελευθεροτυπία, Αυγή, Έθνος κ.ά.) και περιοδικά. Δίδαξε στο Πάντειο Πανεπιστήμιο και στο Δημοκρίτειο Πανεπιστήμιο Θράκης. Δίδαξε το μάθημα για το συλλογικό Τραύμα και τη διαχείριση της Μνήμης στο Τμήμα Επικοινωνίας και ΜΜΕ του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών. Από το 2009 επιμελείται του Σεμιναρίου Ιστορίας στο «Ελεύθερο Πανεπιστήμιο» του δήμου Κηφισιάς.